计算机科学与信息工程学院成立了2002年9月，主要由原渝洲大学自动化与电子工程系、数学与计算机科学系及物理系部分与重庆商学院计算机应用系、渝洲大学计算机中心合并而成，其发展历史为：
1978年，渝洲大学建校开办自动化专业和计算机专业，1981年开办电子工程专业，成立渝洲大学自动化及电子信息工程系，1988年渝洲大学开办测控专业，1993年重庆商学院开办计算机及应用专业，设立计算机应用系，1995年渝洲大学设立计算机中心，2002年渝洲大学与重庆商学院合并，成立重庆工商大学，同年将以上部门和专业组建计算机科学与信息工程学院，2003年计算机科学与信息工程学院设立电子商务专业，2007年9月将原理学院物理学、应用物理专业并入计算机科学与信息工程学院。
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